Activison ha anunciado que Skylanders Swap Force también saldrá en Nintendo 3DS, el 18 de Octubre de 2013, al igual que el resto de las versiones para Xbox 360, PlayStation 3, Wii y Wii U. La versión de Nintendo 3DS ofrece una aventura única con una historia propia, nuveles distintos y un personaje exclusivo: Volcanic Eruptor, incluido en el Pack de Inicio, junto a Rattle Shake y Free Ranger.

La historia de la versión de Nintendo 3DS comienza en Boomtown, hogar del piloto más famoso de Skylands, Flynn. Están celebrando una fiesta a su héroe, pero un nuevo villano conocido como Conde Moneybone hace una parada en la ciudad para secuestrar a Cali, amiga de Flynn y de los Skylanders.